Vous trouverez ci-dessous un résumé complet de l'histoire de Tomb Raider: Anniversary, évitez d'en lire trop si vous n'avez pas encore terminé le jeu, au contraire, si vous n'avez pas tout compris, alors cette page est faite pour vous !

En 1945 à Los Alamos dans le Nouveau Mexique, une explosion nucléaire dévaste un village dans le désert et libère de la glace une créature étrange qui s’envole tant bien que mal dans le ciel, elle est assez sombre et semble mal en point.

En 1996 à Calcutta en Inde, Lara Croft rencontre Jacqueline Natla par l’intermédiaire de Larson Conway, l’un de ses hommes de main. Celle-ci lui propose de retrouver le Scion de l’Atlantide, un artéfact que Lara avait tenté de chercher avec son père il y a plusieurs années, mais en vain. Natla a trouvé la cité de Vilcabamba conduisant tout droit à la tombe de Qualopec, Lara est convaincue et accepte de se rendre au Pérou afin de se lancer à la recherche du Scion.

Arrivée au Pérou, un guide la conduit jusqu’à l’entrée des cavernes allant vers la cité de Vilcabamba, il est finalement attaqué par une meute de loups que Lara s’empresse de tuer mais… trop tard ! Lara doit alors poursuivre son chemin seule. Elle atteint finalement la cité de Vilcabamba, parvient à traverser la vallée perdue, ce qui n’est pas du plus facile face au T-Rex qui lui bloquait la route, puis parvient dans la tombe de Qualopec, l’un des trois souverains légendaires de l'Atlantide.

Après avoir pris le Scion, le tombeau tombe en ruine, Lara doit courir pour s’échapper. Elle parvient à rejoindre la sortie où elle rencontre Larson qui vient « finir le travail » : récupérer le Scion. Lara prend le dessus et l’interroge, elle apprend que Natla s’est servi d’elle afin de retrouver un morceau du Scion et que l’un de ses autres hommes de main, Pierre DuPont, est déjà sur la piste de la seconde pièce. Lara se rend chez Natla Technologies où, en fouillant un peu, localise le second fragment dans la tombe de Tihocan en Grèce.

Lara pénètre dans le bâtiment qui abrite d’immenses ruines. Elle fait rapidement connaissance avec Pierre DuPont qu’elle essaie de mettre en garde contre Natla. Celui-ci rétorque qu’il se fiche de la relique et qu’il n’est intéressé que par l’argent que cette dernière lui permettra de gagner, ainsi il n’aura aucun problème avec son employeuse. Il a l’occasion de tuer Lara, mais préfère partir.

Après cette conversation, Lara résous tour-à-tour des énigmes lui permettant de progresser dans la Folie St François afin de rejoindre le Colosseum, puis le Palais de Midas et enfin la tombe de Tihocan. Pierre ne s’était encore jamais montré, mais lui a tendu une embuscade à l’intérieur du tombeau et profite de l’occasion pour prendre la relique. Deux centaures, protecteurs du Scion, le tue et s’en prenne ensuite à Lara qui a récupéré le Scion et qui parvient à retourner leur pouvoir.